电子束镀膜机的常见故障要从它的系统组成几个部分说起，系统主要由蒸发真空室、E型电子枪、热蒸发电极、旋转基片加热台、工作气路、抽气系统、真空测量、电控系统及安装机台等部分组成。
首先说真空系统的部分，可能出现的故障有：
阀门问题，各种阀门打不开：出现各种阀门打不开的情况时，首先检查阀门各属器室的阀门有无关到位、气压是不是正常，如果上述的条件都正常但是仍旧不能工作的情况下，则应对照系统电气原理图检查各执行器件供电回路是否正常，逐一进行排除。
其次是电子束镀膜机工件转动系统的问题：
转速不对或者根本不转，一般这种情况下有三种可能：
一、工作转盘不转动：可能原因有，机械转动系统坏了、电机损坏、电压不正常。这种情况下我们可以调动系统使其灵活、检查电机绕组是否短路烧坏了、检查电机调速器的输出情况。
二、转速不可调节：可能原因有，调速器给定电压不正常以及调速器工作不正常。这种情况下我们可以检查调速器给定电压情况、检查给定电位器及其外部连接是否完好、检查调速器或更换。
三、转速不稳定：可能原因有，机械转动系统不平衡、电气接触不良、调速器参数发生变化。这种情况下我们可以检查并转动系统、检查给定电机及电速器连接是否完好、检查调速器或更换。
最后是工件烘烤系统：
一、温度失控，恒温不稳定：可能原因有，温控仪工作失常、调功器输出不能调节、热电偶位置欠妥。这种情况下我们可以检修更换温控仪、检查调功器工作情况、调整热电偶位置。
二、跳闸：可能原因有，自身短路、绝缘降低、电阻太小。电子束镀膜机这种情况下我们可以检修加热器件重新调整到正常工作、清洗蒸发物质检查绝缘物质是否破损提高真空度、选择较低的输出电压待温度升高再提高电压。
